Nadační fond Bernarda Bolzana (dále jen nadační fond) vznikl v souladu s 35 odst. 1 zákona č. 227/1997 o nadacích a nadačních fondech z Bolzanovy nadace, zřízené Matematicko-fyzikální fakultou Univerzity Karlovy, dne 27. 1. 1999 byl zapsán do Nadačního rejstříku Krajského obchodního soudu v Praze v oddílu N, vložka 89. Ke dni vzniku zápisu do nadačního rejstříku přešel na nadační fond veškerý majetek, pohledávky a závazky Bolzanovy nadace.