Nadacni fond Bernarda Bolzana (dale jen nadacni fond) vznikl v souladu s 35 odst. 1 zakona c.227/1997 o nadacich a nadacnich fondech z Bolzanovy nadace, zrizene Matematicko-fyzikalni fakultou Univerzity Karlovy, dne 27. 1. 1999 byl zapsan do Nadacniho rejstriku Krajskeho obchodniho soudu v Praze v oddilu N, vlozka 89. Ke dni vzniku zapisu do nadacniho rejstriku presel na nadacni fond veskery majetek, pohledavky a zavazky Bolzanovy nadace.