Nadační fond Bernarda Bolzana (dále jen nadační fond) vznikl v souladu s § 35 odst. 1 zákona č. 227/1997 Sb. o nadacích a nadačních fondech z Bolzanovy nadace, zřízené Matematicko-fyzikální fakultou Univerzity Karlovy, a dne 27. 1. 1999 byl zapsán do Nadačního rejstříku u Krajského obchodního soudu v Praze v oddílu N, vložka 89. Ke dni vzniku zápisu do nadačního rejstříku přešel na nadační fond veškerý majetek, pohledávky a závazky Bolzanovy nadace.